Một khía cạnh của các bậc dinh dưỡng được gọi là tương tác ba bậc dinh dưỡng. Các nhà sinh thái học thường hạn chế các nghiên cứu của mình chỉ trong hai bậc dinh dưỡng để làm đơn giản hóa các phân tích; tuy nhiên, điều này có thể dẫn tới sự hiểu nhầm nếu như các tương tác ba bậc dinh dưỡng (ví dụ như thực vật–động vật ăn cỏ–động vật săn mồi) không được hiểu một cách dễ dàng bằng cách đơn giản là thêm vào các tương tác từng đôi (ví dụ như thực vât–động vật ăn cỏ cộng động vật ăn cỏ–động vật săn mồi). Ví dụ, các tương tác quan trọng có thể xảy ra giữa bậc dinh dưỡng đầu tiên (thực vật) và bậc thứ ba (loài săn mồi) trong việc quyết định sự phát triển số lượng của loài ăn cỏ. Những sự thay đổi trong gen đơn giản có thể sinh ra các biển thể về mặt hình thái học trong thực vật mà sau đó lại tạo nên sự khác biệt trong việc kháng lại các loài ăn cỏ vì ảnh hưởng của cấu trúc thực vật lên đối thủ của loài ăn cỏ.[17] Thực vật cũng có thể phát triển cơ chế phòng vệ loài ăn cỏ ví dụ như cơ chế phản kháng hóa học.[18]